روند بازی اسنیک ایتر به مانند نسخه های پیشین این سری است. بازیباز کنترل شخصیت اسنیک را به دست گرفته و باید بدون شناسایی شدن از خطوط دشمن عبور کند. اگرچه اسنیک دارای سلاح های گوناگونی است (از سلاح کمری گرفته تا آرپی جی) و می توان دشمنان را با این سلاح ها نیز از پای درآورد، اما تأکید بازی در استفاده از مخفی کاری و اجتناب از مبارزه با این سلاح ها است. در طول بازی ابزارهایی برای کمک به این کار در اختیار شما قرار می گیرد و...