داستان کلی این سری در جنگ و درگیری همیشگی میان تمپلار ها اساسین ها برای پیدا کردن تکه ای بهشتی و قدرتمند به نام Apple of Eden خلاصه میشود. شرکت مشهور آبسترگو دستگاهی اختراع کرده است که برخی افراد قادر هستند که به خاطرات اجداد خود بروند از این میان شخصیت اصلی این سری شخصی به نام دزموند مایلز ( Desmond Miles ) از معدود کسانی است که شرایط لازمه برای استفاده از این دستگاه را داشت و توانست به خاطرات اجدادش که به نام های الطایر ابن لا احد ( Altair Ibn La ahad ) و اتزیو آدیتوره دا فیرنزه ( Ezio Auditore Da Firenze ) برود تا مکان AoE را پیدا کنداما متوجه میشود کسی که در این راه بیشتر به او کمک کرده یک تمپلار استهمین امر باعث میشود دزموند نزدیک ترین یارش ( البته ظاهرا ) را بکشد تا اساسین های امروزی به خطر نیفتند. در نسخه ی بعدی دزموند به دلایل مختلف از جمله همین دلیل ذکر شده در کما فرو میرود و برای بیرون آمدن او از کما دوستانش او را بار دیگر وارد دستگاه انیموس می کنند. حال دزموند به هوش آمده و قصد دارد دنیا را از نابودی نجات دهد. داستان بازی از آنجا شروع می شود که دزموند مایلز همراه با پدرش ویلیام ( William ) و دوستان همیشگی خود یعنی شان ( Shaun ) و ربکا ( Rebecca ) به کمک Apple of Eden ، غاری را در شهر بوستون پیدا می کنند. مکانی که تمام داستان بازی از آنجا شروع می شوند و وقوع حادثه ای تلخ که در تاریخ 21 دسامبر 2012 رخ می دهد را پیش بینی میکند. اینبار دزموند به دلیل خونریزی بیهوش میشود و دوستانش او را در دستگاه Animus قرار می دهند به امید آنکه باز هم او هوشیاری خود را به دست بیاورد. اما صحنه ای عجیب می بینیم؛ دزموند در نقش فردی به نام هیتم کنوی ( Haytham Kenway ) قرار می گیرد. هیتم در لندن شخصی را به قتل می رساند و مدالی که به همراه دارد را می دزدد! مدالی که به اسم Those who came Before شناخته شده است و در شهر Boston واقع شده است. بازی به سال های 1720 به بعد می رود. هیتم از لندن به آمریکا می آید و در برهه ای قرار میگیرد امریکای تازه کشف شده در حال تجربه انقلابی است که سرنوشت دنیا را تغییر می دهد. او پس از رسیدن به شهر Boston موفق می شود مکانی که به جست و جویش بوده را پیدا کند. در این بین، اوگروهی از سرخ پوست ها را می بیند و با زنی به نام زیو ( Ziio ) آشنا می شود. زن به هیتم کمک می کند تا ژنرال براداک ( Braddock ) را از بین ببرند. هیتم به همراه زیو به غاری اسرار آمیز بازمی گردند، اما موفق به باز کردن آن نمی شوند. پس از این اتفاقات بازی به زمان حال بازمی گردد. پس از مدتی دزموند مایلز دوباره به ویله ی انیموس به گذشته برمی گردد. کودک سرخپوستی را میبیند که در قبیله ای به نام موهاک زندگی میکند و مادرش زیو و پدرش هیتم است. موهاک توسط یکی از دوستان هیتم که چارلز لی ( Charles Lee ) نام داشت، وحشیانه به آتش کشیده می شود و مادر کودک سرخپوست در این حمله وحشیانه کشته می شود. بازی به سال های آینده و زمان جوانی آن کودک می رود. سرنوشت برای او ماجراهای تازه ای رقم زده است. کودک Ratonhnhakeacute; :ton نام دارد ولی همه ی ما او را به نام Connor میشناسیم. . وی در این بازی در چالشی بزرگ نیز قرار دارد و گرفتار جنگ بین نیروهای قبیله ای که در آن رشد پیدا کرده و استعمار گران انگلیسی که کل امریکا را از آن خود می دانند شده است، اما در نهایت تصمیم قطعی خود را میگیرد که انتقامی سخت از استعمارگران انگلیسی بگیرد. او برای رسیدن به این هدفش به فرقه ی بزرگ و قدرتمند اساسین ها می پیوندد. سختی های روزگار از او انسانی قدرتمند ساخته است که از همان اوایل نشان میدهد بسیار در فراگیری رزم استعداد دارد. وی به دلیل زاده شدن از مادری سرخپوست از قبیله موهاک توسط جنگ جویان بزرگ این قبیله تعلیم دیده است و دیری نمی پاید که به یک قاتل حرفه ای و استاد در فنون مختلف یه به اصطلاح یک Master Assassin تبدیل میشود. . کانر رویای جهانی که در آن مردم بتوانند به دور از هرگونه آزار و اذیتی در کنار هم و در آزادی زندگی کنند را در سر خود می پروراند. با پیشروی در داستان بازی او بیش از پیش قوی می کند و حس مبارزه در مقابل انگلیسی ها و تمپلار ها؛ ارزش های اخلاقی و قهرمانانه او را می پروراند تا در نهایت کانر کنوی ( Connor Kenway ) در طول داستان بازی به یک شخصیت کامل و اساسینی قدرتمند تر از همیشه مبدل می شود