داستان بازی Ghost of Tsushima از سال 1274 میلادی شروع می شود. سایه تاریک مغول ها به جزیره سوشیما در جنوب غربی ژاپن چیره شده است و این اولین بار است که چنین تهاجم سنگینی به ژاپنی ها می شود. مغول ها که تازه شبیه جزیره کره را تصرف کرده اند، چشم طمع به خاک ژاپن و حکومت کاماکورا دوخته اند. شما در نقش سامورایی به نام جین وارد بازی خواهید شد و به عنوان یکی از بازمانده های محدود سامورایی ها وظیفه سنگین محافظت از جزیره و دور کردن مغول ها را روی دوش دارید.